中国中医科学院广安门医院南区始于1983年建设的大兴县中医门诊部，1993年迁现址成立大兴县中医医院。2008年被国家中医药管理局列为“全国中医医院中医文化建设重点建设单位”，2008年5月成为“北京中医药大学教学医院”。 2011年3月29日，大兴区委区政府与中国中医科学院广安门医院签署合作协议，正式委托中国中医科学院广安门医院管理区中医医院，成立广安门医院南区。8月29日，广安门医院南区正式开诊。9月1日，广安门医院南区正式升级为三级甲等中医医院。

医院在充分发挥传统医学优势的同时，先后引进16排螺旋CT、飞利浦DR数字影像系统、飞利浦数字式彩色超声、骨密度仪、全自动生化分析仪、电子内窥镜、宫腔镜、腹腔镜、呼吸机、心电监护系统等先进的医疗设备，拥有层流高净化手术室5间、重症监护病床（ICU）6张。

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